Os trabalhos que deram início à Segunda Igreja Presbiteriana de Rio Claro começaram no final de 1928, em uma sala alugada no bairro de Vila Aparecida, sob a liderança do Professor Abdiel Lopes Monteiro e sua esposa Cinira Lopes Monteiro, membros da Primeira Igreja Presbiteriana de Rio Claro, sob a supervisão do Conselho e do então Pastor Reverendo Antônio Marques da Fonseca Junior. Em 12 de Julho de 1932, os cultos começaram a ser realizados no templo recém-construído na Rua 1-A, Nº 715, no bairro Vila Aparecida, onde, depois de várias ampliações e modificações arquitetônicas, se encontra ainda a igreja.
A história conta que em 22 de Outubro de 1950, no pastorado do Reverendo Paschoal Luiz Pitta, foi organizada a Segunda Igreja Presbiteriana de Rio Claro com pouco mais de 70 membros adultos (comungantes) e 30 crianças (não comungantes).
A Igreja, então organizada, contava basicamente com famílias de ferroviários, que muito se dedicaram para que o evangelho frutificasse no solo rio-clarense. Dinâmica e comprometida com os valores do reino, o evangelho se expandiu vertiginosamente, fazendo da comunidade uma das referências regionais no presbiterianismo. Homens e mulheres comprometidos com Deus, muito contribuíram para o crescimento e fortalecimento do presbiterianismo na cidade.
Desde sua organização, vários pastores deram a sua contribuição para expansão do reino. Em 1950, foi dirigida pelo Reverendo Paschoal Luiz Pitta, que acumulou o cargo de pastor da Primeira Igreja Presbiteriana de Rio Claro e da Segunda. De 1951 a Fevereiro de 1955 – Reverendo Humberto Aldrovandi Junior. De julho de 1954 a Fevereiro de 1955 – Reverendo Ludgero Braga. De março de 1955 a 1965 – Reverendo Raimundo Loria. De 1966 a 1978 – Reverendo Francisco Moreira Junior. De 1979 a 1989 – Reverendo Dirceu Xavier de Mendonça.
De 1990 a 1993 – Reverendo Adolfo Potenciano. De 1994 a 1996 – Reverendo Gilmar Bueno da Silva. De 1997 a janeiro de 1999 – Reverendo Manoel Jorge Pereira Junior. De março a dezembro de 1999 – Reverendo Clemilton Alves de Mello (Atos pastorais). De 2000 a 2005 – Reverendo Dirceu Alves da Silva. De 2006 a 2010 – Reverendo Silas Tscherne. De 2011 a 2013 – Reverendo Paulo Marcio Paiva.
Atualmente, a Comunidade é dirigida pelo Reverendo Wagner Aparecido dos Santos. Juntamente com o Conselho da Segunda Igreja, Presbítero Antonio Paulo Cardoso, Presbítero Cesar Moreira, Presbítero Vagner Fiorio e Presbítero Wagner Martins.
Durante as festividades dos 69 anos em Rio Claro, a igreja preparou uma programação especial que segue neste domingo (27), com culto que será ministrado pelo Reverendo e Capelão da Universidade Mackenzie de São Paulo, Marcelo Coelho. No culto da noite, a igreja também terá comemoração especial.
