O surgimento do Santuário de Nossa Senhora da Boa Morte e Assunção ocorreu no ano de 1856, quando um grupo de personalidades aqui radicadas ficou responsável pela construção de sua Capela:
Antônio Gonçalves de Amorim, (português, comerciante, Procurador do Patrimônio de São João desde 1851); o Padre Manoel Rosa de Carvalho e a Irmã Isabel Maria de Jesus (dez anos antes, Amorim, por motivos ainda ignorados, teve malograda sua proposta para a construção de uma Capela em honra de Nossa Senhora do Rosário).

Interior do Santuário Diocesano
O estatuto da Irmandade foi aprovado em 1858 por D. Nery, Bispo Diocesano. Iniciada a construção, de estilo colonial, com o altar-mor dedicado à Nossa Senhora da Boa Morte (a primeira etapa das obras concluída em sete anos), a Capela foi sagrada em 14 de agosto de 1865.

Primitiva imagem de Nsa. Sra. Assumpção
Consta que, durante os nove anos de construção da “Matriz Nova”, iniciada em 1867, os ofícios religiosos foram transferidos para a Igreja da Boa Morte, passando a funcionar, como Matriz.
No final do século XIX, aquela irmandade foi extinta, talvez, pelo falecimento de Amorim. Em 1919, a Irmandade de Nossa Senhora da Boa Morte e Assunção foi restaurada por Eduardo de Amorim Rodrigues (neto do fundador da Capela). A entidade permaneceu em atividades até o ano de 1967.

Detalhe do antigo sino da igreja datado de 1861
A torre, incorporada à Capela (cujo projeto permitia, desaparecido na década de 30), foi inaugurada em agosto de 1936, com a cerimônia da benção presidida pelo Monsenhor Francisco Botti. O altar-mor guarda as relíquias mortais dos santos mártires Timóteo e Amélia.
Com a chegada a Rio Claro do Padre Antônio Martins da Silva, em 1938 (que introduziu a pastoral social, auxiliar da Paróquia de São João Batista, assumindo-a com a morte do Mons. Botti), a Igreja começou a ser ampliada.
Anexados foram os prédios do dispensário, lactário, creche, escola, salão de eventos, moradia das religiosas e das dependências de serviços (hoje, em reforma a extensa ala direita). Há de se destacar as brilhantes obras realizadas pelo saudoso senhor Pascoal Brochini para a conservação da Capela (considerado o novo “Amorim”).

Imagem de Nsa. Sra. da Boa Morte
Em agosto de 1988, durante as comemorações do Ano Mariano, foi inaugurado no períbolo da Igreja o monumento em homenagem à Maria.
Em 1990, o Mons. Jamil Nassif Abib iniciou grande movimento de revitalização do conjunto arquitetônico da Igreja da Boa Morte.
A Igreja, em 2001, elevada a Santuário Diocesano pelo Bispo D. Eduardo Koaik, teve sua primitiva imagem de Nossa Senhora da Assumpção reentronizada (restaurada, o delineamento do rosto foi alterado).

Relíquias dos santos mártires Timóteo e Amélia
A partir de 2006, o empreendedor Padre Ronaldo Francisco Aguarelli finalizou a total revitalização do edifício.
Recentemente, à frente do Santuário Diocesano, os carismáticos Padres Antonio Portilho e Ronaldo César Demarchi, que assumiram a Paróquia de São João Batista.

Imagem de Nsa. Sra. Assunção exposta somente nas festividades da igreja
Com a construção da Capela da Boa Morte (fora do traçado urbano, compreendido da Rua 1 à Rua 8, aproximadamente), sobressaiu da paisagem urbana uma árvore nativa – a Figueira –, que remete à fundação de Rio Claro.

Vitral da Assunção de Nossa Senhora ao Céu
Lamentavelmente, a Figueira da Praça da Boa Morte, relevante patrimônio histórico, cultural e de alto valor ambiental, foi sumariamente cortada em 10 de outubro de 2005.

Altar-mor vendo-se as imagens de Nsa. Sra. da Boa Morte e Assumpção
Colaboração: Anselmo Ap. Selingardi Jr. – Perito Judicial em Arqueologia e Documentação Histórica / Inscrição: N. 1417-SP